La Riserva è suddivisa in tre ambiti territoriali:
Ambito a Riserva Integrale (ha 24,50), in cui sono inseriti gli ambienti più fragili e meritevoli di conservazione, rappresentati dagli habitat dunali e retrodunali, dalle praterie salate, dai laghetti salmastri e dalla foce del fiume Tronto dove l'attività antropica è quasi del tutto assente. Comprende, a Sud la foce del fiume Tronto inclusa la porzione di ambito fluviale che si spinge nell'entroterra per 300 metri all'interno dell'argine artificiale di sinistra; senza soluzione di continuità si estende quindi verso Nord con una fascia litoranea dall'ampiezza media di circa 60 metri fino a raggiungere il confine sud dell'Area floristica "84. Laghetti di Porto d'Ascoli" comprendendola interamente; include inoltre, quasi totalmente, l'area di eccezionale valore botanico vegetazionale individuata dal PPAR "86. Litorale di Porto d'Ascoli" e si estende verso Nord sino al canale Consortile;
Ambito di Protezione (ha 67,16), fascia tampone con funzione mitigatoria volta ad attenuare, sino ad annullarli, i possibili impatti su habitat e specie animali e vegetali presenti. Il limite della zona di protezione segue quello delle corrispondenti aree della Rete Ecologica europea "Natura 2000" (ZPS zone di protezione speciale e pSIC siti di importanza comunitaria) individuate dalla Regione Marche con DGR n°1709/1997 e n° 1701/2000, comprendendo a sud anche l'intera fascia di pertinenza fluviale, includendo così in appropriato ambito di tutela anche gli habitat ripariali, importantissimi soprattutto per la fauna ornitica, tralasciata dalla perimetrazione della ZPS;
Ambito di Promozione Economica e Sociale (ha 85,69), ove prevalgono le attività antropiche, comprende la restante parte del territorio della Riserva.
Mappa dettagliata sulla zonizzazione della Riserva Naturale Regionale Sentina (pdf)
